Békésen, mint ahogy más városokban is, először az iskolákban jöttek létre régiséggyűjtemények, melyek akkoriban a szemléltető oktatást szolgálták. A helyi gimnázium már az 1800-as évek 2. felében jelentős számú régiségnek adott helyet. A múzeumalapítás ügyét leginkább a vagyonos polgárok, polgárosodott értelmiségiek támogatták. Az 1920-30-as évekre közadakozásból egy értékes és mennyiségében is jelentős gyűjtemény született. Így a múzeumügy mind erőteljesebben a figyelem középpontjába került, amihez hozzájárult a népi kultúra iránti érdeklődés felerősödése is.
1938 nyarán a község főjegyzője felkérte dr. Durkó Antal gimnáziumi tanárt, hogy vállalja el a helytörténeti múzeum megszervezését. Ekkortájt nemcsak Békésen, hanem máshol is, leginkább lelkes amatőrök, tanárok álltak a múzeumok élére. Az első állandó kiállítást, ami tulajdonképpen nem volt más, mint az asztalokra helyezett, falakra függesztett tárgyak bemutatója, végül 1945. március 15-én nyitották meg. Az 1950-es években gyakorivá vált a költözködés. A tárgyi gyűjtés mellett 1951-től Durkó Antal rendszeresen végzett néprajzi gyűjtést is. Érdeklődő iskolásokból, tanárokból valóságos kis gyűjtőhálózatot szervezett.
1966-ban a múzeum végre megfelelő helyre került: a 18. sz. végén a Wenckheim család által építtetett gazdatiszti lakást vehette birtokba. Az addigi raktárjellegű kiállítások helyett színvonalasabb állandó és időszaki bemutatókat rendezhettek.
1968-ban a 80. életéve felé közeledő Durkó Antal a felmentését kérte. Tőle egy rövid időre Szász Lajos általános iskolai igazgatóhelyettes vette át az intézmény vezetését. Szász szerencsére már korábban is lelkes híve és művelője volt a muzeális tárgyak, iskola-történeti emlékek gyűjtésének. 1970-ben Tábori György néprajzos muzeológust nevezte ki a Békés Megyei Múzeumok Igazgatósága az intézmény élére, akinek egyik legfőbb feladata egy leendő tájház teljes berendezéséről való gondoskodás volt. A kiállítások színesebbek, gazdagabbak lettek. 1971-ben a békési múzeum felvette a helyi születésű neves festő, Jantyik Mátyás (1864-1903) nevét. 1977-ben pedig megnyitották a Tájházat, a Durkó u. 8. sz. alatti, 1866-ban épült, népi műemlékké nyilvánított gazdaházban. 1978-ban Tábori György nyugdíjba vonult, helyét Nemes Dénes magyar-történelem szakos, kőszegi középiskolai tanár foglalta el. 1981-ben a Petőfi út 41. szám alatti régi iskolai épületben új állandó kiállítás nyílt Iskolamesteri Lakás címmel.
Az 1980-as években több szakalkalmazott - B. Szűcs Irén néprajzos muzeológus, S. Turcsányi Ildikó régész, Kocsor Julianna gyűjteménykezelő-restaurátor - alkalmazására nyílt lehetőség.
1983-ban újabb kiállító hellyel, a Békési Galériával bővült a Jantyik Mátyás Múzeum, amely hangulatos környezetben, a város máig legszebb középületében fogadja a látogatókat. A hajdani díszes bálterem főként a hosszabb időre tervezett képzőművészeti, míg az úgynevezett kisterem a különféle témájú időszaki kiállításoknak ad helyet.
1987-ben B. Szűcs Irént bízták meg a múzeum vezetésével. A Jantyik Mátyás Múzeum személyi és szervezeti bővülése lehetővé tette a sokoldalú, új formákat kereső közművelődési munka megerősödését is. A kiállításokhoz kapcsolódó múzeumi órák, ismeretterjesztő előadások, vetélkedők, kézműves foglalkozások, játszóházak szervezésére került és kerül sor azóta is. Törekszünk arra, hogy kiállításaink, kiadványaink rendszeresen saját gyűjteményünket is bemutassák, feldolgozzák, ugyanakkor nagy, országos múzeumok anyagával is megismertessük az érdeklődőket. A kiemelkedő jelentőségű városi-kistérségi kulturális rendezvényekhez - Békés-Tarhosi Zenei Napok, Madzagfalvi Napok - minden évben kiállításokkal és egyéb programokkal kapcsolódunk. Városunkban a Békési Múzeumbarátok Köre fogja össze a múzeumok munkája iránt érdeklődő, abban részt vállaló embereket.
Intézményünk szakalkalmazottai régészet, történet és néprajz területén publikálnak tanulmányokat, emellett múzeumunk füzetsorozatában, a Békési Tékában is jelennek meg írásaik. Állandó kiállításaink mellett évente 6-8 időszaki kiállítást is rendezünk. A látogatók száma eléri a Jantyik Mátyás Múzeumhoz tartozó három kiállítóhelyen – Nagyház, Békési Galéria, Tájház, a nálunk rendezett külsős szervezetek programjain megjelentekkel együtt - az évi 7-8.000 főt.
2000-ben sor került a Békés Megyei Múzeumok átszervezésére, melynek következtében a békési múzeum több más megyebeli múzeumhoz hasonlóan az adott település önkormányzatának fenntartásába került 2001. januárjától kezdődően. Régészeti gyűjteményünk darabszáma az ásatásoknak köszönhetően megduplázódott, közművelődési munkánk új lehetőségekkel gazdagodott. Főként sikeres pályázatok segítségével jelentős összeget tudtunk fordítani restaurálásra, a műtárgyak állagmegóvására, képzőművészeti gyűjteményünk gyarapítására. Múzeumi füzetsorozatunkban újabb köteteket sikerült megjelentetnünk. Az elmúlt időszakban több, jelentős épület-felújítási munka is megvalósult, illetve van folyamatban.
2004-ben Békés Város Önkormányzata Múzeumpártoló Önkormányzat címet nyert.
2022. január 1-től a Békés Városi Jantyik Mátyás Múzeum üzemeltetője a Békés Városi Kulturális Központ, Könyvtár, Múzeum és Sport Nonprofit Kft. lett.